Основной сюжет, которого следует придерживаться в течении всей игры.

Новый учебный год начался! Этот год стал более трудным, так как министерство магии теперь вмешивается в дела Хогвартса, и директор Дамблдор ничего не может с этим поделать. В школе стали преподавать Пожиратели Смерти, а вскоре Дамболдора смещают с должности директора школы и на его место ставят Северуса Снейпа,но Альбус Дамболдор ему доверяет, а зря! Снейп поддерживает связи с Дамболдором и выдаёт его план действий Волдеморту. Тот же собирает армию для нападения на Хогвартс. Гарри, Рон и Гермиона снова создают ОД! В конце марта на школу нападает Волдеморт, а так как Дамболдор прибыл в школу в ужасном состоянии, то его убивает Снейп. И тут всё начинается. ОФ прибывает в школу на подмогу и начинается война за Хогвартс!